De las aguas continentales uruguayas, la principal especie en lo que se refiere a pesca comercial es el sábalo. Para algunos investigadores es esperable que de mantenerse caudales extractivos elevados para el sábalo se termine por alterar el ecosistema de la cuenca, especialmente las cadenas tróficas, al estar esa especie íntimamente relacionada con sus predadores: los dorados y los grandes siluriformes, estos últimos ya estarían disminuyendo sus efectivos. De las represas construidas en su totalidad en el país, destacan las 3 situadas en el sector medio del curso del río Negro, el embalse de Palmar, el de Baygorria y el de Rincón del Bonete, el mayor de todos, el que forma un lago con superficie aproximada de 1070 km². Otra manera es que el nuevo lago resulta ser un aliciente Cytoxan: Tratamiento Citotóxico para Neoplasias Malignas — Medicam.es pescadores y emprendedores acuícolas, y si la cuenca naturalmente no cuenta con especies atractivas para el objetivo buscado, se suelen desarrollar emprendimientos de acuicultura con peces exóticos (de los cuales parte de los ejemplares escapan) o directamente se los siembra, ya sea por particulares o por organizaciones gubernamentales. Algunas especies nativas son producidas de manera comercial empleando técnicas de piscicultura.

En razón del prolongado tiempo en que estas especies son mantenidas en cautiverio y a su demanda y abundancia en los comercios, en buena parte de los casos han desarrollados variedades solo presentes en los acuarios, entre ellas las albinas y las velíferas. Su cuerpo es algo translúcido, permitiendo la observación de la columna vertebral y el intestino, además de las regiones branquial y pectoral, estas de un color rojizo en razón de que transparentan los vasos sanguíneos. Son particularmente buscadas al tener resistencia natural a las bajas temperaturas, por lo que durante décadas resultaron convenientes al acuarismo europeo, haciendo que fueran exportadas en grandes volúmenes. Muchas especies dulciacuícolas uruguayas son estimadas como peces ornamentales para destinarlas al mercado del acuarismo. La mayoría de los hidrocarburos clorados de bajo peso molecular como el cloroformo, diclorometano, dicloroeteno y tricloroetano son disolventes útiles. Algunos componentes de la ictiofauna continental uruguaya son objetivo de aprovechamiento directo o indirecto por parte de pesquerías, las que pueden dividirse en dos tipos.

La deforestación con la pretensión de ganar tierras para la expansión de la frontera agrícola, altera de múltiples maneras a las poblaciones ícticas de los ríos uruguayos. El establecimiento más importante del país dedicado a la reproducción de peces uruguayos es el acuario denominado: «1.ª Reserva Acuario del Uruguay». En lagos, lagunas y cursos fluviales uruguayos se ha registrado niveles de contaminación, si bien aún es poco significativo lo producido en el país. Posee 40 peceras adecuadamente equipadas de 400 litros cada una, en las cuales se alberga y multiplica cerca de 600 ejemplares de 50 especies nativas del país. Las mismas suelen lograr escapar de sus jaulas y huir a los ríos, donde pueden causar graves problemas a los ecosistemas nativos. A pesar de haber sido amenazado personalmente por el propio Benny Blanco, Carlito lo ignora y deja ir vivo, una decisión que decepciona al guardaespaldas de Carlito, Pachanga, quien sospecha que provocará problemas en el futuro y él insiste en matarlo para evitar una venganza. Una carta a Lord Strangford, cónsul del Reino Unido en Río de Janeiro, y una misión en Londres, a cargo de Matías Irigoyen fueron los primeros actos de la diplomacia revolucionaria. Muchos peces uruguayos emprenden largas migraciones entre los sitios reproductivos y los alimenticios, al asociarse a pulsos de inundación que permiten conectar las aguas del río con esteros, madrejones, lagunas y otros humedales marginales al mismo, pero dentro del valle de inundación.

Ejemplo del daño que causan las represas es que, por lo menos el sábalo (el pez clave de la cuenca del Plata), la raya o chucho de agua dulce, el patí, el surubí pintado y la boga, los que antes estaban extensamente distribuidos en el río Negro, a raíz de la construcción de las 3 represas en la década de 1950, por efecto de la fragmentación se extinguieron de la cuenca situada aguas arriba de las mismas, dado que no pudieron continuar realizando sus características migraciones entre sus lugares reproductivos y alimenticios. Es por eso que a las especies ictícolas introducidas directamente en aguas del Uruguay se les han sumado las que llegaron a las mismas desde poblaciones introducidas en el sudeste del Brasil o la Argentina. Entre las especies más populares se encuentran: el tetra Buenos Aires, el tetra serpae, el tetra de ojos rojos, el tetra cola roja, el relojito, la pirrulina, el limpiavidrios, el doradillo manchado, el doradillo bronceado, la cinolebia nigripinis, la cinolebia pavito, el apistograma azul y amarillo, etc. Auchenipterus nuchalis, Lycengraulis grossidens y Parapimelodus valenciennis, siendo esporádico el traspase de las grandes migradoras: Salminus brasiliensis, Prochilodus lineatus, Leporinus obtusidens, etc. Le siguen en importancia los enormes surubíes atigrado y pintado, el mítico manguruyú, las tarariras (el Uruguay es un centro internacional para su pesca), el patí, la boga, el armado, el escaso pacú, la corvina de río, el chafalote, el ya raro pirapitá o salmón, las rayas de río, etc.